La Secretaría de Gobierno es la encargada de coordinar, supervisar y asegurar la gobernabilidad y el estado de derecho en la entidad. Esta secretaría tiene un papel fundamental en el establecimiento de relaciones institucionales, la coordinación de políticas internas, y el mantenimiento de la seguridad y el orden social.
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El Mtro. Edgar Antonio Maldonado Ceballos es Licenciado en Derecho por la UAEM, con posgrados en Derecho Electoral, Administración Pública y Políticas Públicas. Ha ocupado diversos cargos jurídicos en la administración estatal y federal, incluyendo la Lotería Nacional, y ha sido catedrático de la UAEM.
Fue Consejero Electoral del IMPEPAC, Consejero Jurídico del Poder Ejecutivo de Morelos y, en 2025, designado Fiscal General del Estado. El 31 de octubre de 2025 fue nombrado Secretario de Gobierno de Morelos, donde impulsa la gobernabilidad, el diálogo municipal y la estabilidad institucional.